Aus heute üblicher wissenschaftlicher Sicht, müssten die Reptilien als  als natürliche (vollständige) Abstammungsgruppe (Reptilia als Klade), mindestens auch die Vögel enthalten, unter Berücksichtigung bestimmter ausgestorbener Formen („säugetierähnliche Reptilien“ wie Dinocephalia) sogar auch die Säugetiere. Um diese Verhältnisse abzubilden, wird das bereits 1866 eingeführte und heute als Klade definierte Taxon Amniota genutzt, das alle rezenten Reptilien einschließlich der Säuger und Vögel sowie alle mittlerweile ausgestorbenen Nachfahren ihres letzten gemeinsamen Vorfahren einschließt. Die 1864 eingeführten und heute ebenfalls als Klade definierten Sauropsida umfassen alle rezenten Reptilien einschließlich der Vögel sowie alle ausgestorbenen Formen, die näher mit den heutigen Reptilien und Vögeln verwandt sind als mit den Säugetieren. Tatsächlich sind alle rezenten Reptilien näher mit den Vögeln verwandt als mit den Säugetieren, d. h. alle Reptilien der Entwicklungslinie, die zu den Säugetieren führt, sind heute ausgestorben. Verschiedene Wissenschaftler versuchten sich ab Ende der 1980er Jahre an einer phylogenetischen Definition des Taxons Reptilia, um dieses wissenschaftlich weiter nutzbar zu machen. Insbesondere in wissenschaftlichen Veröffentlichungen aus dem englischsprachigen Raum wird Reptilia heute teils synonym für die Klade Sauropsida verwendet.
Die wissenschaftliche Beschäftigung mit Reptilien fällt in das Gebiet der Herpetologie. Das Wissen um ihre Pflege und Zucht in Terrarien bezeichnet man als Terraristik oder Terrarienkunde, die ein Teil der Vivaristik ist.